איגוד המדרשות הוא גוף המאגד בתוכו 30 מדרשות הפרושות ברחבי הארץ מחספין בצפון ועד אילת בדרום. המדרשות עוסקות בשני תחומים עקריים: א. יהדות: העברת סדנאות וסמינריונים בנושאים של זהות ישראלית,יהודית, דת ומדע, בינו לבינה ונושאים אקטואליים אחרים המעסיקים את בני הנוער, ואשר יש צורך לטפל בהם מחוץ למסגרת החינוך הפורמלי. ההצלחה הגדולה של המדרשות העוסקות בהעברת סמינריונים, טמונה ככל הנראה באמצעים הבלתי פורמליים המשלימים את החסר במסגרות החינוכיות הקיימות. ב. טיולים: הדרכת טיולים ברחבי הארץ כאשר כל מדרשה מתמקדת באיזורים הסמוכים לה. מדריכי ומדריכות המדרשות לטיולים כולם בעלי תעודת "תו התקן" של מנהלת הטיולים ומנהל חברה ונוער במשרד החינוך. למעשה מדרשות אלה מקבילות בפעילותן לבתי ספר שדה, כאשר הדגש הוא על מקורות יהודיים וחיבור בלתי אמצעי לארץ ישראל. ייחודן של המדרשות העוסקות בהדרכת טיולים הינו באופן העברת המסרים והדרכת הטיול והדבר בא לידי ביטוי לא במספר הפסוקים המצוטטים אלא בכל מרכיבי הפגישה עם הקבוצה, מהלבוש,דרך צורת הדיבור וכמובן תוכן הדברים והחיבור הבלתי אמצעי לשורשים שלנו. הבנות המדריכות במדרשות עוברות הכשרה בת כשלשה חודשים, המקנה להן בסיומה את תעודת "תו התקן" של מנהלת הטיולים - משרד החינוך. על אף המאפיינים הזהים, לכל מדרשה ייחודיות משלה - נושא מרכזי אותו בחרה לפתח. כך אנו מוצאים כמה מדרשות שהעיסוק שלהן הוא בכל הקשור למצוות התלויות בארץ וכאלה שפניהן לקהילה והן מעבירות פעילויות בדגש חברתי. פעילות המדרשות מיועדת לתלמידי בי"ס ולחניכי תנועות הנוער, אך הן משתמשות בכלים שברשותן, גם כדי להעניק תכנים ומסרים לקהל יעד מבוגר יותר. כך גדלה התופעה של שמחות משפחתיות המתקיימות במדרשות. בחופשות ובחגים ניתן לראות את המדרשות כ"כפרי נופש" הקולטים משפחות ומעניקים להן "חופשה בראש שקט ובתוכן ייחודי". איגוד המדרשות הנמצא בפיקוח של משרד החינוך - האגף לתרבות תורנית, הוא עמותת גג של המדרשות. הוא האחראי על הכשרתם של המדריכים ובנות השירות הלאומי ומתפקידו להעביר השתלמויות מקצועיות במהלך השנה. כמו כן תפקידו של האיגוד לרכז את פעילות המדרשות בכל תחום בו ניתן יתרון לגודל: עמידה מול גופים ממשלתיים, השתלמויות מקצועיות, פיקוח, רכש ושיווק.